O transplante endotelial da córnea não é complicado e é muito semelhante à cirurgia da catarata, em termos de localização da incisão, tempo de operação e procedimento. A incisão é normalmente feita numa área escondida pela pálpebra e a ferida não é visível quando o olho está normalmente aberto após a cirurgia. A cirurgia é normalmente realizada sob anestesia local (agente adormecedor em torno do olho). 2 mm fora do olho negro, 1/3-1/2 da espessura da esclera branca é incisada e uma faca de túnel é inserida na córnea transparente para descascar a camada endotelial, camada elástica posterior e parte do estroma, com toda a incisão a assemelhar-se a um túnel subterrâneo. O enxerto doador é implantado através da incisão, desenrolado dentro do olho e colocado sobre o estroma. Uma quantidade de gás é normalmente bombeada para o olho para segurar o enxerto firmemente contra o estroma e assegurar um ajuste mais apertado. O procedimento é muito curto, normalmente demorando apenas cerca de 20-30 minutos. Devido ao facto de a incisão do túnel e o comprimento da incisão ser de apenas 3,25 mm, normalmente não são necessárias suturas. Há alguns casos especiais em que são necessárias suturas, tais como quando um paciente tem cicatrizes na borda da córnea ou esclera, que podem afectar a cicatrização da incisão do túnel. Se não for esticado, o gás que é perfurado no olho para apoio pode vazar para fora. Neste caso, apenas um ponto é suficiente para garantir o sucesso do procedimento e, claro, a sutura pode ser deixada no lugar. Existe agora mais experiência no enxerto endotelial da córnea. O paciente pode ter alta no dia seguinte ou no terceiro dia após a operação sob observação durante um dia, se o enxerto encaixar bem. Claro, é necessário um atraso se houver uma condição excepcional ou a tempo para o fim-de-semana.