Os sintomas comuns incluem febre, dores de cabeça, vómitos, tonicidade do pescoço, convulsões, afasia, hemiparesia, ataxia, movimentos involuntários, distúrbios psiquiátricos, perda de consciência e sinais de irritação meníngea. Os doentes com encefalite mostram danos parenquimatosos proeminentes no cérebro e são propensos a convulsões, afasia, hemiparesia, perturbações mentais e intelectuais. Algumas infecções lentivrais de encefalite são dominadas por anomalias mentais, manifestando-se como desatenção, comportamento peculiar, falta de resposta, redução da fala, indiferença emocional, mutismo em desenvolvimento gradual, estado de mutismo, incapacidade de cuidar de si próprios, e repouso na cama. Dor de cabeça, vómitos, tonicidade cervical e irritação meníngea são mais proeminentes em doentes com meningite, e as manifestações de lesões cerebrais focais são frequentemente vistas nas fases posteriores.