A endometriose é uma doença inflamatória crónica dependente de estrogénios que causa infertilidade e dor pélvica. Os mecanismos da infertilidade associada permanecem desconhecidos. Várias hipóteses anteriores incluem alterações anatómicas e obstrução tubária devido a aderências pélvicas, bem como outros factores, como a diminuição da tolerância endometrial e da massa ovocitária mediada por citocinas inflamatórias. Esta doença demonstrou ter efeitos nefastos na fisiologia do ovário no contexto ovárico. De facto, os dados ultra-sonográficos e histológicos tendem a apoiar um número reduzido de folículos ováricos em doentes com endometriose. Além disso, o ambiente local dos folículos nas doentes é significativamente diferente do da população saudável, como evidenciado por alterações nas células da granulosa, incluindo uma diminuição da aromatase que expressa P450 e um aumento da produção intracelular de espécies reactivas de oxigénio. Os ovócitos obtidos de mulheres afectadas pela endometriose tinham maior probabilidade de não amadurecerem in vitro e apresentavam alterações morfológicas e um conteúdo citoplasmático mitocondrial reduzido, em comparação com as pacientes com outras causas de infertilidade. Os resultados da meta-análise sugerem que um número reduzido de oócitos maduros está associado à endometriose e que as taxas de fertilização reduzidas podem começar em níveis mais ligeiros da doença. No entanto, ainda não existem provas suficientes e sólidas e é necessário efetuar mais estudos.