Através da acumulação e resumo de dados clínicos e estudos experimentais, descobriu-se que existem muitas causas de bebés pequenos para a idade gestacional, para além dos factores nutricionais. A baixa estatura materna pode levar a bebés pequenos para a idade gestacional e as mães com baixa estatura têm uma maior probabilidade de ter bebés pequenos. Um estudo descobriu que a altura média das mães no grupo pequeno para a idade gestacional era de 156 cm, em comparação com 161 cm no grupo normal de recém-nascidos, uma diferença altamente significativa. As gestações múltiplas produzem frequentemente bebés pequenos para a idade gestacional. Os gémeos e os trigémeos são mais pequenos. Por vezes com gémeos, um é de peso normal e o outro é um bebé pequeno para a idade gestacional. Isto pode ser devido ao fornecimento de sangue não equitativo à placenta, sendo o que tem mais sangue maior e o que tem menos sangue menor, ou pode ser devido à transferência de sangue entre os dois fetos. A hipoxia intra-uterina crónica é também uma causa importante de bebés pequenos para a idade gestacional. Por exemplo, hemorragia vaginal antes das 28 semanas, hipertensão gestacional grave, diabetes mellitus grave com doença vascular, doença cardiovascular ou renal crónica, bem como a localização da mãe num planalto ou o tabagismo (mais de 5 cigarros por dia) podem reduzir o fluxo sanguíneo placentário e causar hipoxia fetal crónica e deficiências nutricionais, resultando num fraco crescimento fetal e num pequeno tamanho à nascença. As anomalias na placenta ou no cordão umbilical podem também afectar o crescimento fetal, uma vez que a placenta e o cordão umbilical fornecem nutrientes e oxigénio ao feto. Se a placenta tiver hemangiomas, pequena placenta ou displasia placentária, obstrução dos vasos placentários, vasos sanguíneos anormais no cordão umbilical e fluxo sanguíneo insuficiente para o útero podem afectar a nutrição e o fornecimento de oxigénio, resultando em retardamento do crescimento intra-uterino. A infecção intra-uterina é outra causa importante de retardamento do crescimento fetal. Os agentes patogénicos invadem primeiro a placenta da mãe através do colo do útero ou da corrente sanguínea, causando inflamação, que invade ainda mais o embrião ou feto, causando retardamento do crescimento fetal e malformação. Os agentes patogénicos comuns incluem vários vírus (por exemplo, rubéola, citomegalovírus, vírus do herpes, vírus do coxsackie coxsackie, vírus órfão e vírus da hepatite B) e Toxoplasma gondii (transmitido pelo contacto com cães e gatos) que podem causar um bebé pequeno para a idade gestacional. Além disso, certas aberrações cromossómicas, doenças genéticas e congénitas podem também causar o nascimento de crianças em idade gestacional reduzida.