As sequelas da encefalite neonatal, no caso da encefalite viral, são principalmente danos neurológicos, tais como lentidão da fala, paralisia, dificuldades de deglutição, surdez e epilepsia. Pode também manifestar-se como demência, perda de memória, compreensão, retardamento mental, indiferença, olhos baços, comportamento agressivo, irritabilidade e função cognitiva anormal, bem como disfunção autonómica, como suor excessivo e salivação. As sequelas mais graves de meningite bacteriana incluem perda de consciência, perda de audição, deficiência motora, deficiência visual, epilepsia e hidrocefalia. As sequelas mais suaves incluem problemas de comportamento, dificuldades de aprendizagem e tónus muscular reduzido. Os recém-nascidos que apresentam convulsões, gritos, dificuldades de alimentação e febre devem ser vistos rapidamente para evitar atrasos no tratamento e consequências adversas.