As drogas mais comuns utilizadas após cirurgia para quistos de chocolate são o GnRh-a, que é administrado por via subcutânea ou intramuscular, e o denogestrel, que é uma droga oral que é administrada mensal e diariamente e pode causar uma pequena quantidade de hemorragia vaginal. A fim de reduzir a hipótese de recorrência de quistos de chocolate após a cirurgia, é de facto também muito importante remover as lesões dos quistos de chocolate e separar o mais completamente possível as aderências causadas pelas lesões, para que a medicação pós-operatória possa ter um efeito mais adequado.