Os quistos de chocolate são endometriose, um fenómeno em que o endométrio é implantado nos ovários. Embora não sejam um tumor, podem ter um impacto significativo, particularmente em termos de dificuldades de fertilidade. Muitos médicos inexperientes ignoram frequentemente este problema e ou o tratam de forma retardada e atrasam a função reprodutiva, ou o tratam em demasia. Isto resulta em muitos pacientes terem reduzido a função ovariana ou serem propensos a recidivas após a cirurgia. Estes resultados são por vezes irreversíveis. A cirurgia para quistos de chocolate é um procedimento muito difícil e deve ser feita por um cirurgião com experiência considerável, que não só é hábil como também tem de ser bastante paciente. Os pacientes devem ser cuidadosos na sua escolha do cirurgião.