A vacina contra o HPV não deve ser administrada durante a menstruação, porque durante a menstruação a mulher apresenta uma diminuição da resistência do organismo. Se a vacina for administrada novamente nesta altura, existe o risco de febre ou de aumento da vermelhidão e da dor local. A vacina pode ser administrada após o fim do período menstrual, uma vez que esta vacina pode ser administrada uma semana antes ou uma semana depois, sem qualquer relação. Assim, se a menstruação vier precisamente na altura em que deve tomar a vacina, pode esperar até ao fim da menstruação para tomar a injecção, o que não terá qualquer efeito sobre a eficácia do medicamento nem sobre o efeito imunitário que produz.