A segunda sessão de tratamento do canal radicular consiste em continuar a extração do nervo remanescente do dente e em preparar o dente para o tratamento subsequente. No caso de um dente com polpa viva, a segunda sessão do tratamento de canal envolve a remoção da atividade nervosa do dente para evitar a dor durante a continuação do tratamento numa fase posterior. No caso de um dente com polpa morta, o nervo já está necrosado e perdeu a sensibilidade, e o dente é propenso a fracturas devido à falta de fornecimento de nutrientes, e a sua resistência a forças externas é reduzida, pelo que a preparação do canal radicular pode ser realizada diretamente. Há mais uma coisa importante sobre o segundo acompanhamento do tratamento do canal radicular: a inflamação tem de ser completamente removida e a cavidade gengival tem de ser lavada. O objetivo é evitar que a inflamação se espalhe e afecte outros tecidos da gengiva. O segundo acompanhamento do tratamento do canal radicular requer um tratamento específico do doente, que pode ser efectuado em consulta com o médico assistente antes do tratamento.