A limpeza do intestino é um factor chave para o sucesso ou fracasso de uma colonoscopia. Se ainda houver muita matéria fecal no intestino no momento do exame, o acesso ao âmbito e observação pode estar comprometido, ou o exame completo do cólon pode não estar concluído, ou pode não ser realizado devido ao encobrimento fecal. Por conseguinte, é importante preparar o intestino para o exame com um intestino limpo. Os laxantes são a forma mais comum e fiável de preparação para o exame. Alguns dos métodos de limpeza intestinal mais seguros de uso comum hoje em dia são a solução electrolítica oral de polietilenoglicol e sulfato de magnésio, juntamente com beber água suficiente para limpar o intestino, tendo como padrão as fezes aquosas. Para aqueles que não estão satisfeitos com a limpeza intestinal, a hidroterapia do cólon pode ser combinada para conseguir um melhor efeito de limpeza intestinal para satisfazer as necessidades da colonoscopia. Além disso, é necessária alguma preparação dietética antes do exame para limpar o intestino. 3 dias antes do exame, parar de tomar preparações de ferro e iniciar uma dieta de baixo resíduo. Na véspera da colonoscopia, é aconselhável comer uma dieta incolor, de baixo resíduo ou líquida, como peixe, ovos, leite, produtos de soja, papas, macarrão, pão, bananas, melão de inverno e batatas. É aconselhável trazer relatórios prévios de colonoscopia, radiografias e relatórios de patologia para referência do médico. Não trazer telemóveis para a sala de exame, pois isso pode afectar o funcionamento normal dos instrumentos. A colonoscopia não é tão assustadora quanto se possa pensar. Não há necessidade de estar demasiado nervoso e ansioso, e é preciso relaxar. Durante o exame, o abdómen pode sentir-se distendido e doloroso porque o intestino grosso é normalmente fechado e tem várias partes curvas, pelo que o médico injectará algum ar no âmbito para facilitar a entrada e observação.