O tratamento dos pólipos de cólon é principalmente cirúrgico, com opções de tratamento determinadas pelo tamanho, número, complicações e natureza patológica do pólipo.
As biópsias podem ser realizadas endoscopicamente para clarificar a natureza do pólipo, enquanto os pólipos podem ser removidos directamente sob colonoscopia. Com base nos resultados histológicos patológicos, é tomada a decisão de realizar ou não uma cirurgia radical adicional.
Para os adenomas colorrectais, que são considerados como pré-cancerosos, a remoção cirúrgica do adenoma pode reduzir significativamente a incidência de cancro. Na polipose adenomatosa familiar, a taxa de cancro é de 100%. Se não for tratada, acabará quase sempre por se tornar cancerosa, pelo que deve ser diagnosticada e submetida a cirurgia radical na adolescência, se possível.