A coloração PAS, também conhecida como coloração de glicogénio, é positiva para o diagnóstico de doenças e é geralmente usada para o diagnóstico de diabetes mellitus, doença pulmonar, cardiomiopatia e outras doenças cardiovasculares. É particularmente relevante para doenças malignas, tais como leucemia linfocítica aguda e crónica, linfoma maligno e cancro do pulmão, bem como anemia megaloblástica e anemia hemolítica. É utilizado clinicamente como um teste adjuvante e pode ser realizado sob supervisão médica. Em casos como a leucemia em que a hematopoiese normal é inibida pelo envolvimento maciço e proliferação de células leucémicas e está presente na medula óssea e outros tecidos hematopoiéticos, é necessário um tratamento agressivo e a coloração PAS é repetidamente aplicada para determinar o seu estado terapêutico.