As úlceras orais são normalmente tratadas com glucocorticosteróides tópicos e, para as úlceras com sintomas mais graves e recorrências frequentes, pode ser utilizada uma combinação de medicamentos tópicos e sistémicos, conforme descrito abaixo. Os medicamentos glucocorticóides tópicos habitualmente utilizados incluem pasta oral de tretinoína, pomada de dexametasona, spray, gargarejo, pomada de prednisolona, gargarejo de betametasona, comprimidos adesivos de hidrocortisona, pomada de fludioxonil, creme de propionato de beclometasona, etc. Se os sintomas das úlceras orais forem mais graves ou se repetirem com frequência, pode combinar a medicação sistémica com a medicação local. Os medicamentos normalmente utilizados são os glucocorticosteróides, como a prednisona, a dexametasona, etc., os imunossupressores, como a azatioprina, a ciclofosfamida, etc. Todos os medicamentos acima referidos devem ser utilizados sob a orientação de um médico e recomenda-se que se dirija a uma instituição médica regular para receber tratamento profissional.