O facto de um defeito do septo ventricular no coração de um bebé ter ou não algum efeito no futuro depende do tamanho do defeito; um defeito pequeno terá pouco efeito, enquanto um defeito grande afectará o crescimento e o desenvolvimento da criança, podendo mesmo afetar a vida. Se o defeito for inferior a 0,5 cm, normalmente não existe um shunt evidente e pode ser assintomático. A criança pode ser tratada cirurgicamente quando crescer e não há qualquer efeito no futuro do doente; Se o defeito for grande, afectará seriamente o crescimento e o desenvolvimento da criança e, na primeira infância, haverá letargia, fraqueza, interrupção da ingestão de leite, ganho de peso lento e broncopneumonia recorrente. Nos casos mais graves, em que ocorre um refluxo anormal, a criança pode desenvolver uma insuficiência cardíaca grave, que pode afetar a sua esperança de vida. No caso de bebés com defeitos do septo ventricular, recomenda-se que visitem o departamento de cardiologia do hospital o mais cedo possível para avaliar a doença. Os casos ligeiros podem ser observados primeiro e esperar até à altura certa para a cirurgia, enquanto os casos graves têm de ser seleccionados o mais cedo possível de acordo com a doença para escolher um plano de tratamento razoável.