Tanto a cirurgia com laser de femtosegundo de precisão como a cirurgia com laser de femtosegundo total têm as suas próprias vantagens e desvantagens e são adequadas para diferentes tipos de doentes, pelo que não é fácil dizer qual é a melhor.
A principal vantagem do procedimento FSL é a capacidade de remover as aberrações de fase de ordem elevada do doente, mas a desvantagem é que é necessário fazer um retalho corneano e a incisão cirúrgica é um pouco maior do que a do procedimento com laser de femtosegundo completo. É normalmente adequado para doentes que apresentam aberrações de ordem superior mais significativas após a topografia da córnea.
A principal vantagem da cirurgia com laser de femtosegundo total é que não requer um retalho corneano, pelo que a cirurgia é menos invasiva, a recuperação é mais rápida, o conforto do doente é maior e é menos propensa a complicações como a deslocação do retalho após a cirurgia. As desvantagens são o facto de ser um pouco mais cara e de não eliminar a diferença de fase de ordem superior do doente. É adequado para doentes que não apresentam aberrações de ordem superior significativas após a topografia da córnea.
Os doentes com erro refrativo que pretendam corrigi-lo através de cirurgia devem dirigir-se primeiro ao departamento de oftalmologia de um hospital para um exame completo, onde o médico avaliará o estado dos olhos do doente e orientará o plano de tratamento específico.