As infecções por clamídia são mais graves. A clamídia inclui a Chlamydia pneumoniae, a Chlamydia psittaci, a Chlamydia trachomatis e a Chlamydia bovis. Cerca de 50% da uretrite não gonocócica é causada por uma infeção por Chlamydia trachomatis, que é pequena, intermédia entre uma bactéria e um vírus, e normalmente parasita células e é mais destrutiva para os tecidos intracelulares. A Chlamydia trachomatis pode causar linfogranuloma venéreo, que pode levar a doença inflamatória pélvica, cervicite, parto prematuro e aborto espontâneo em mulheres grávidas. A Chlamydia trachomatis também pode infetar bebés, resultando em tracoma, oftalmia por Chlamydia trachomatis e pneumonia por Chlamydia trachomatis. A infeção por Chlamydia trachomatis também é suscetível de causar uretrite nos homens, os doentes com uretrite por clamídia apresentam formigueiro uretral, comichão, corrimento uretral e síndrome uretral, o doente apresenta febre uretral, frequência urinária, urgência urinária, dor urinária, sintomas de incontinência urinária. A infeção por Chlamydia trachomatis é mais grave e pode levar à infertilidade masculina e feminina, resultando em inflamação do epidídimo masculino e epididimite por Chlamydia trachomatis, levando à disfunção espermatogénica dos testículos masculinos, resultando numa diminuição da viabilidade espermática e afectando a função reprodutiva. Se os doentes estiverem infectados com Chlamydia, devem dirigir-se atempadamente ao hospital e cooperar ativamente no tratamento para não atrasar a doença.