O LES é uma das doenças imunitárias reumáticas mais perigosas e pode afectar muitos dos órgãos sistémicos do organismo, com uma elevada taxa de mortalidade de uma só vez. Alguns doentes com LES têm apenas algumas lesões de órgãos sistémicos, tais como erupções cutâneas e artrite. O prognóstico é geralmente bom. Contudo, alguns pacientes podem desenvolver danos irreversíveis em órgãos vitais como os pulmões, coração e rins, o que é mais prejudicial à função física e tem uma certa taxa de mortalidade. No entanto, com o aumento do número de métodos de diagnóstico precoce e a melhoria do tratamento, a taxa de sobrevivência dos doentes com LES atingiu agora 90% aos 10 anos e 80% aos 15 anos, e a maioria dos doentes pode trabalhar e viver como pessoas normais. No entanto, deve-se notar que, devido às complexas e variadas manifestações clínicas do LES, a gravidade da doença varia de paciente para paciente. Para pacientes com início agudo, progressão rápida da doença, lúpus grave com danos graves em vários órgãos importantes, ou crise de lúpus, a doença é mais perigosa e ainda tem uma certa taxa de mortalidade se não for tratada activamente. Para pacientes com lúpus, é importante manter uma atitude optimista e tratar a doença eficazmente.