Não há desvantagens visíveis após o período de estabilidade alcançado após o tratamento ortodôntico, podendo haver algum grau de encurtamento das raízes dos dentes antes e depois do tratamento ortodôntico global, mas a magnitude é tão pequena que é basicamente insignificante. A principal desvantagem da ortodontia é que, durante o processo ortodôntico, podem ocorrer gengivite, problemas periodontais e dentes soltos, ou mesmo perda de dentes. Dado que a estimulação da ortodontia e o impacto do movimento dos dentes durante a ortodontia podem causar problemas periodontais que resultam em recessão gengival e reabsorção do osso alveolar, é necessário manter uma boa higiene periodontal durante o processo de ortodontia. Uma limpeza sistemática antes do tratamento ortodôntico e uma limpeza diária dos dentes com uma escova de dentes profissional durante o tratamento ortodôntico podem minimizar relativamente os problemas periodontais durante o tratamento ortodôntico.