Os efeitos secundários dos medicamentos anti-ansiedade ocorrem geralmente durante cerca de uma semana. Em particular, os efeitos secundários mais comuns de medicamentos anti-ansiedade como a sertralina, fluoxetina, Dexedrina e paroxetina são reacções gastrointestinais como náuseas, vómitos, boca seca, boca amarga, desconforto abdominal superior e dores abdominais. Pode também ocorrer uma série de problemas como má alimentação, perda de apetite, diarreia e obstipação. Podem também ocorrer efeitos secundários do sistema nervoso central, tais como tonturas, dores de cabeça e sonolência, bem como efeitos secundários tais como tensão arterial instável e irritabilidade. Estes efeitos secundários são geralmente mais comuns nos primeiros dias da toma do medicamento e a maioria deles desaparecem espontaneamente após mais de uma semana sem qualquer tratamento ou intervenção especial. No entanto, existem outros efeitos secundários que podem ter uma duração mais longa e que requerem uma intervenção especial. Por exemplo, se tomar benzodiazepinas anti-ansiedade durante um longo período de tempo, pode desenvolver problemas de dependência, que podem exigir uma intervenção rápida. Existe também um risco de comprometimento do fígado e dos rins, especialmente se a função hepática for anormal após uso prolongado, o que também requer uma gestão imediata e a consideração de mudar, reduzir ou parar o tratamento sob supervisão médica.