A exaustão de proteínas está principalmente relacionada com factores como a dificuldade em digerir os alimentos e o desequilíbrio da flora intestinal. A proteína é um alimento relativamente difícil de digerir. Devido à dificuldade crescente em digerir alimentos, o tempo passado nos intestinos será relativamente longo e causará mais irritação nos intestinos, e muitas pessoas terão um número crescente de exaustos depois de comer. As proteínas precisam de ser decompostas por proteases no corpo quando são digeridas. Comer grandes quantidades de alimentos à base de proteínas durante um longo período de tempo reduzirá as proteases no corpo em conformidade, ou podem mesmo esgotar-se, altura em que não serão capazes de se decompor e absorver as proteínas. A proteína também pode produzir mais gás quando entra em contacto com bactérias nocivas. Embora os alimentos à base de proteínas sejam mais nutritivos, podem alterar a flora intestinal quando digeridos. Comer proteínas durante muito tempo não é propício à sobrevivência de bactérias benéficas no tracto intestinal, mas pode levar à proliferação de bactérias nocivas, resultando num aumento da quantidade de gases.