Em geral, o lavado broncoalveolar é relativamente seguro. Em geral, é necessário melhorar a preparação pré-operatória, informar o doente e a sua família das indicações, contra-indicações e complicações da lavagem broncoalveolar e procurar a cooperação do doente ou da sua família, podendo algumas das complicações da lavagem broncoalveolar ser evitadas. As complicações mais comuns da tosse broncoalveolar incluem broncoespasmo, hemorragia brônquica, alergia a fármacos anestésicos, febre, pneumotórax e tosse frequente, etc. Na sua maioria, são complicações transitórias e os sintomas podem ser controlados e aliviados.