A pontuação Agatston é calculada multiplicando a pontuação da densidade de calcificação pela área de calcificação, primeiro de acordo com o valor CT da lesão, 130-199 é 1, 200-299 é 2, 300-399 é 3, 400 e acima é 4. Isto é depois multiplicado pela área de calcificação e, finalmente, as pontuações coronárias individuais são somadas para dar uma pontuação, quanto maior for a pontuação maior será o risco de doença cardiovascular. De modo semelhante, a área de calcificação directa multiplicada pela espessura da camada dá uma pontuação de volume, que reflecte o volume total de calcificação, e a pontuação Agatston dividida pela área de calcificação dá uma pontuação de qualidade, que reflecte o grau médio de calcificação.