É possível falhar o diagnóstico quando se realiza uma gastroscopia com injeção de gás, mas a possibilidade de erro de diagnóstico é muito pequena.
O diagnóstico da gastroscopia baseia-se nas manifestações endoscópicas observadas pelo examinador. Devido aos problemas do nível do operador e da clareza do gastroscópio, algumas das lesões intragástricas minúsculas não podem ser detectadas, especialmente os cancros minúsculos, com um diâmetro inferior a 1 mm, que são susceptíveis de falhar o diagnóstico.
Se existirem lesões gástricas, o diagnóstico deve ser efectuado em conjunto com um exame histológico patológico, em que as glândulas e as células podem ser observadas através de um microscópio de ampliação, o que normalmente ajuda a estabelecer um diagnóstico claro, pelo que é menos provável que ocorram erros de diagnóstico. No entanto, se não existirem problemas, como erosões, pólipos, úlceras, tumores, etc., o estômago é um estômago normal e, normalmente, não se verificam erros de diagnóstico.
Os doentes são aconselhados a visitar hospitais regulares para uma deteção atempada da doença e um tratamento específico.