As perturbações da flora intestinal requerem frequentemente a realização de análises às fezes, análises ao sangue, análises endoscópicas e testes respiratórios de hidrogénio metano. 1) Análise das fezes: incluindo a pesquisa de sangue oculto nas fezes, que permite observar os glóbulos brancos, os glóbulos vermelhos e o estado dos alimentos digeridos no estômago, de modo a avaliar se são acompanhados de hemorragia digestiva e de infeção intestinal, podendo também ser efectuado um exame de esfregaço para analisar o tipo e a quantidade de flora. 2. exame de sangue: principalmente exame de sangue de rotina, muitas vezes também precisa fazer teste de função hepática e renal, é propício para o diagnóstico diferencial de distúrbios da flora intestinal. 3. teste de endoscopia: incluindo gastroscopia e colonoscopia, através da endoscopia, o trato digestivo pode ser observado visualmente. 4. teste respiratório de hidrogénio e metano: é uma técnica de rastreio para diagnosticar a causa dos sintomas gastrointestinais e de certas perturbações extra-intestinais, medindo a concentração de hidrogénio e metano no ar expirado ao longo do tempo, bem como a quantidade de hidrogénio e metano exalados durante um período de tempo. As perturbações da flora intestinal devem ser acompanhadas pelo médico para efetuar os exames necessários, confirmar o diagnóstico e receber tratamento precoce para promover a recuperação da doença.