Recomenda-se que o óleo de peixe seja tomado entre as refeições para obter o melhor efeito de suplementação, e a melhor biodisponibilidade do óleo de peixe é conseguida tomando-o entre as refeições, ou depois do pequeno-almoço e antes do almoço, ou seja, das 10-11h, ou depois do almoço e antes do jantar, ou seja, das 3-5h, quando o corpo está num estado de esvaziamento gástrico básico. Esta é a altura em que o estômago do corpo está praticamente vazio e o óleo de peixe pode ser tomado para uma biodisponibilidade óptima. Os doentes com perturbações gastrointestinais podem sofrer de refluxo ácido, azia, náuseas, vómitos e uma série de outros sintomas e manifestações clínicas.