Quando a hepatite B é altamente activa, o vírus entra nas células hepáticas, causando degeneração (por exemplo, células hepáticas aumentadas ou encolhidas), necrose (necrose unicelular, necrose multi-celular), e uma distribuição de células inflamatórias em volta das células hepáticas, indicando a presença de danos nas células hepáticas. A infecção crónica pode causar a proliferação de fibroblastos e o tecido hepático tornar-se fibrótico e estruturalmente perturbado, o que com o tempo pode levar à cirrose e mesmo ao cancro do fígado.
No caso de uma hepatite B triplo-positivo importante, ou seja, positivo para o antigénio de superfície do vírus da hepatite B, vírus da hepatite B e antigénio, e anticorpos nucleares, isto indica que o vírus da hepatite B está presente no organismo e encontra-se numa fase de replicação relativamente activa. O vírus da hepatite B ataca os hepatócitos, causando a degeneração dos hepatócitos, tais como inchaço dos hepatócitos, redução do tamanho dos hepatócitos, causando uma redução na função dos hepatócitos, e também causando necrose de células únicas dos hepatócitos, necrose periférica, causando uma redução na função do fígado.
Além disso, se a infecção crónica estiver presente durante muito tempo, o andaime reticular do fígado será danificado, e isto, juntamente com a regeneração contínua das células hepáticas, fará com que a estrutura interna do fígado se desorganize em massas densas, ou seja, cirrose, o que afectará seriamente a função hepática e poderá também causar manifestações clínicas como icterícia e ascite. A longo prazo, a cirrose também pode levar ao cancro do fígado. É por isso que se recomenda que os pacientes com trigémeos maiores sejam tratados o mais cedo possível para melhorar o seu prognóstico.