Em termos relativos, a zopiclona tem mais efeitos secundários do que a dexzopiclona. A zopiclona e a dexzopiclona pertencem à mesma classe de medicamentos, mas a dexzopiclona é o isómero destro da zopiclona, que tem as vantagens de uma absorção rápida, um início de ação rápido, uma eficácia forte, menos efeitos secundários tóxicos, menos dependência e nenhum fenómeno de ricochete ou de abstinência após a interrupção do medicamento. Consequentemente, a zopiclona tem mais efeitos secundários do que a dexzopiclona. A utilização de zopiclona pode provocar reacções adversas como mal-estar, dores de cabeça e irritabilidade. A utilização de dexzopiclona pode provocar reacções adversas como boca seca, dores de cabeça e dispepsia. Ambos estão contra-indicados em pessoas alérgicas ao produto e aos ingredientes nele contidos, doentes com discinesia dispneica, doentes com miastenia gravis, doentes com síndrome de apneia do sono grave, etc. A toma do medicamento deve ser efectuada em conformidade com as indicações médicas e de acordo com as recomendações de um profissional de saúde. Em caso de reação adversa, deve ser procurada assistência médica imediata.