Actualmente, dependendo do enxerto, pode ser classificado como derivado de medula óssea, ou derivado de células estaminais hematopoiéticas, ou derivado de sangue do cordão umbilical, pelo que o transplante de medula óssea e o transplante de células estaminais hematopoiéticas são dois tipos diferentes de enxerto. Os transplantes de medula óssea são frequentemente colhidos directamente do dador, enquanto que os transplantes de células estaminais hematopoiéticas são frequentemente realizados através do processamento do dador e depois da colheita das células estaminais hematopoiéticas do dador utilizando um separador de células, pelo que a distinção entre transplantes de medula óssea e transplantes de células estaminais hematopoiéticas só é feita devido à diferença nos enxertos. Há vantagens e desvantagens para cada um no processo de tratamento, uma vez que o processo de colheita de medula óssea inclui células estaminais mesenquimais para além das células estaminais hematopoiéticas, que são mais susceptíveis de serem viáveis no corpo do paciente e podem ter um tempo de recuperação mais rápido para a hematopoiese. Contudo, ambas podem ser utilizadas para tratar doenças malignas do sangue e são os principais enxertos para transplante e estão actualmente em uso generalizado, embora as células estaminais hematopoiéticas sejam mais comummente utilizadas. . Algumas unidades utilizam uma combinação de medula óssea + células estaminais do sangue periférico de volta ao paciente para transplantes semi-compatíveis.