Os colírios antibacterianos mais utilizados são principalmente os colírios de aminoglicosídeos e de quinolonas. Os colírios de quinolonas habitualmente utilizados são os colírios de ofloxacina, levofloxacina e gatifloxacina, e os aminoglicosídeos são os colírios de tobramicina. Estes colírios antibacterianos destinam-se principalmente ao tratamento de infecções bacterianas sensíveis, podendo ser utilizados isoladamente ou em combinação, e os seus mecanismos de ação não são exatamente os mesmos. O objetivo da utilização de colírios antibacterianos é esterilizar ou inibir a reprodução de bactérias, geralmente escolhidas com base na experiência, se o efeito do medicamento não for óbvio, recomenda-se a realização de cultura bacteriana e teste de sensibilidade ao medicamento, de acordo com os resultados do teste de sensibilidade ao medicamento, e depois escolher o colírio antibacteriano sintomático apropriado para tratamento sintomático anti-inflamatório.