A cistite é causada por muitas etiologias, pelo que há uma série de exames que são relevantes para estas etiologias. Os aspectos clínicos mais importantes são os seguintes: o primeiro é o exame físico. A cistite divide-se em aguda e crónica. A cistite aguda é caracterizada por febre, micção frequente, urgência e micção dolorosa. A cistite crónica é muito semelhante à cistite aguda, mas geralmente há pouca ou nenhuma febre e pode haver uma dor vaga na região lombar, no abdómen e no períneo, ou desconforto, que deve ser detectado pelo médico através do exame físico. O segundo é normalmente um exame mais rotineiro. O mais importante é a análise de rotina à urina, que inclui uma contagem de glóbulos brancos e uma contagem de glóbulos vermelhos, ambas incluídas na rotina da urina, e uma cultura bacteriana da urina. A cultura bacteriana é tão importante que o tratamento clínico anti-inflamatório se baseia principalmente nos resultados da cultura de urina para ajustar a aplicação de agentes antimicrobianos. A terceira é a realização de outras investigações, incluindo ecografia, TAC, urografia, etc. Estas são determinadas pela doença, porque se se suspeitar que a cistite é uma infeção de qualquer tipo, são necessárias investigações relevantes, como ecografia ou TAC para detetar cálculos, tumores e outros factores.