O tratamento dos quistos duodenais depende do estado do doente e do tamanho do quisto. Os quistos pequenos são normalmente tratados de forma conservadora, enquanto os quistos grandes são tratados cirurgicamente.
Os quistos duodenais são geralmente benignos, havendo a possibilidade de ocorrência de quistos malignos em casos raros. Quando o quisto duodenal é estável e relativamente pequeno, é normalmente adotado um tratamento conservador, ou seja, a revisão regular do quisto e o ajustamento dos hábitos diários de acordo com as indicações do médico.
No entanto, à medida que a doença progride, os quistos duodenais podem tornar-se maiores, o que pode afetar os tecidos circundantes. Normalmente, quando o quisto se torna grande ou afecta os tecidos locais, é realizada uma cistectomia endoscópica ou cirúrgica para evitar o desconforto e os efeitos adversos de um quisto de grandes dimensões para o doente.
Se for diagnosticado um quisto duodenal, recomenda-se um tratamento precoce para minimizar os efeitos adversos da doença.