O medicamento para a síndrome do intestino irritável baseia-se principalmente em ligações sintomáticas e não existem medicamentos eficazes exactos e actualizados. Em primeiro lugar, os hidrocoloides são capazes de absorver água, aumentar o volume das fezes e soltá-las. São portanto adequados tanto para a diarreia como para a obstipação, especialmente na síndrome do cólon irritável, onde a diarreia e a obstipação se alternam. Em segundo lugar, o brometo de pivetónio, que actua selectivamente como antagonista do músculo liso do tracto gastrointestinal, é indicado principalmente para aqueles com dores abdominais significativas. Em terceiro lugar, os medicamentos de motilidade pró-gastrointestinal, tais como a domperidona e o mosapride, para as pessoas com distensão abdominal e obstipação. Em quarto lugar, os medicamentos anti-diarreicos, tais como o Emmenagogue e o difenoxilato composto, são utilizados para a diarreia e podem ser utilizados durante um curto período de tempo em casos graves. Em quinto lugar, os probióticos, tais como Pepcid, Lactobacillus comprimidos e Rectificar são utilizados principalmente para ajustar a flora do intestino e também podem ser eficazes em alguns pacientes. Finalmente, existem antidepressivos, medicamentos anti-ansiedade e vários outros tratamentos psicológicos. A grande maioria dos doentes com síndrome do intestino irritável grave tem perturbações psicossomáticas significativas, pelo que isto é algo que precisa de ser plenamente reconhecido.