Os cálculos amigdalianos não ocorrem após amigdalectomia bilateral, mas no caso de remoção unilateral, a amígdala do lado não ressecado pode ainda produzir cálculos. Os cálculos das amígdalas são geralmente causados por várias razões, como o aumento da secreção das amígdalas, a obstrução da abertura da cripta das amígdalas, a má drenagem das secreções, resultando em criptas profundas de restos de alimentos deteriorados, epitélio de descamação, colónias bacterianas e outros corpos estranhos que não podem ser descarregados a tempo, envoltos em secreções. Os depósitos acumulam-se durante muito tempo, calcificam e endurecem, formando partículas finas, brancas e duras. Os cálculos amigdalianos podem causar mau hálito, dor de garganta, dificuldade ou dor associada à deglutição e sensação de corpo estranho na faringe Após a remoção bilateral das amígdalas, deixa de haver tecido amigdalino na boca, pelo que não se desenvolvem mais cálculos amigdalianos. No entanto, se apenas o lado afetado for removido, os cálculos amigdalianos podem continuar a crescer.