Quando aparece a expectoração amarela, a primeira coisa que é clara é que as bactérias estão a causar uma infecção respiratória. Qualquer infecção bacteriana na garganta, traqueia, brônquios, pulmões ou qualquer outra parte do corpo pode resultar em expectoração amarela, por exemplo, uma infecção na garganta pode ser acompanhada de pus e, portanto, de expectoração amarela. Quando ocorrem infecções bacterianas na traqueia, brônquios e pulmões, a exsudação inflamatória resulta destas áreas e os neutrófilos e fagócitos no corpo juntam-se nos locais inflamatórios para engolir bactérias estranhas e subsequentemente estas células inflamatórias sofrem lise e necrose e depois juntam-se nestas áreas e misturam-se com o material inflamatório exsudado para formar a expectoração amarela. Para as infecções bacterianas, o mais importante é tratar com antibióticos. Para as infecções respiratórias, as mais comuns são os antibióticos de cefalosporina ou penicilina, e se não houver alergias a nenhum destes medicamentos, a cefixima ou a amoxicilina podem ser usadas para tratamento.