A duração da gastroscopia varia de pessoa para pessoa, geralmente a gastroscopia demora cerca de 5 minutos. Para alguns doentes especiais, se for necessário efectuar uma patologia histológica, ou para uma ampliação NBI especial, em que é necessário observar estruturas minúsculas, e em que a gastroscopia tem de ser correlacionada, o tempo varia, podendo alguns demorar meia hora, outros mais de uma hora. Para a gastroscopia geral, não é necessária anestesia e, normalmente, bastam cerca de 5 minutos. Para a gastroscopia indolor, o propofol é administrado por via intravenosa e o doente fica a dormir durante o exame. Normalmente, são necessários cerca de 20 minutos para a indução da anestesia e o tempo para acordar da anestesia, mais o tempo para examinar o gastroscópio. A duração da gastroscopia varia, portanto, consoante as circunstâncias.