A normalização dos anticorpos de Hashimoto não significa que a doença esteja curada, mas sim que se encontra numa fase estável, podendo ser considerados ajustes ao regime de tratamento e à medicação sob a orientação do médico. A tiroidite de Hashimoto é uma forma crónica de tiroidite e não tem cura. Normalmente, se a glândula tiroide não estiver significativamente aumentada ou se não houver anomalias na função da tiroide, não há necessidade de tratamento, sendo apenas necessários exames regulares. Quando a tiroidite de Hashimoto está associada a anomalias da função tiroideia, incluindo hipertiroidismo e hipotiroidismo, é necessário um tratamento adequado. O hipertiroidismo deve ser tratado com metimazol ou propiltiouracilo, e o hipotiroidismo deve ser tratado com levotiroxina sódica em comprimidos. Recomenda-se que os doentes com anomalias da tiroide consultem um endocrinologista para tratamento sob supervisão médica.