É compreensível que muitos pacientes estejam muito nervosos por terem uma colonoscopia porque acham que é dolorosa e distendida. Alguns pacientes podem tolerá-lo muito bem e ter menos reacção às dores comuns. Isto porque a colonoscopia é bombeada e há muitas curvas no cólon, tais como a junção do cólon rectosigmóide, o baço, o fígado, etc. Estas curvas podem ser bastante dolorosas. Portanto, se o paciente for intolerante a gases ou dores, pode não ser possível continuar com a colonoscopia. Se o paciente estiver muito preocupado e receoso da colonoscopia, o paciente pode ser aconselhado a submeter-se a uma colonoscopia indolor, o que significa que a colonoscopia é realizada sob anestesia intravenosa geral e o paciente não sente desconforto e submete-se à colonoscopia de forma confortável. Se o paciente estiver consciente do possível desconforto da colonoscopia e estiver psicologicamente preparado, o médico tranquilizará o paciente durante o procedimento e aconselhá-lo-á a relaxar o mais possível, para que a colonoscopia seja um procedimento cooperativo e só com boa cooperação é que o médico poderá realizar melhor a colonoscopia.