O megacólon congénito pode ser tratado com cirurgia. O megacólon congénito é principalmente causado por uma combinação de factores genéticos e ambientais. O megacólon congénito é normalmente encontrado no cólon sigmóide e no recto. É principalmente devido a espasmo e estenose do canal intestinal afectado, causando disfunção peristáltica, resultando na acumulação de conteúdos intestinais no intestino, que não podem ser expelidos, causando assim uma dilatação grave do intestino doente e eventualmente formando um megacólon. O principal tratamento para esta doença é a cirurgia. O princípio da cirurgia é remover o segmento estenótico ou o cólon proximal que perdeu a sua função normal, a fim de assegurar o funcionamento normal do intestino após a cirurgia. Após a cirurgia, os pais devem manter o ânus do seu filho limpo, utilizando água ou soro fisiológico para limpar o ânus após a defecação e limpá-lo atempadamente. Se a criança não tiver um movimento intestinal durante 2 dias consecutivos, deve ser-lhe dado um banco de rolhas, conforme prescrito pelo médico. Além disso, deve observar a natureza das fezes a tempo de prevenir a diarreia.