Actualmente, aproximadamente 17% dos doentes com colite ulcerosa e doença de Crohn sofrem de intolerância clínica à azatioprina, tais como supressão grave da medula óssea, pancreatite, lesões hepáticas, linfoma e mesmo dores ósseas e articulares, queda de cabelo e problemas gastrointestinais (por exemplo, náuseas, vómitos, desconforto), especialmente naqueles com neutrófilos sanguíneos < 2,0; amilase sanguínea > 2X; ou função hepática ALT, ALP, rGT > 2X deve ser levada mais a sério. Para estes problemas, a azatioprina deve ser descontinuada imediatamente: 1. Recomenda-se que o tratamento possa ser alterado para 6-mercaptoguanina (6-MP), geralmente em doses entre 0,3 – 1,0 mg/kg, dependendo do estado do paciente, o que pode colocar sob controlo 2/3 dos pacientes que são intolerantes à azatioprina. 2. para pacientes com doença de Crohn que permanecem intolerantes ao 6-MP, recomenda-se a conversão para a terapia com metotrexato (MTX). 3. se ainda houver pacientes que sejam intolerantes aos 2 fármacos acima mencionados, considere o tratamento com nutrição parenteral ou biologia, etc.