A gastroenteroscopia não é prejudicial se for realizada em conjunto, dependendo principalmente da tolerância do próprio doente, que pode apresentar sintomas como distensão abdominal, dor abdominal, náuseas e vómitos. Tanto a gastroscopia como a colonoscopia implicam a injeção de gás no trato digestivo. Se for injetado demasiado gás, os doentes podem sentir um inchaço significativo e dores abdominais, e tanto a gastroscopia transoral como a colonoscopia anal provocam um certo desconforto no corpo, podendo provocar sintomas como náuseas, vómitos e dores anais. Embora os danos não sejam grandes, muitos doentes não são capazes de os tolerar, pelo que se recomenda que a gastroenteroscopia seja efectuada separadamente. Além disso, muitos hospitais têm equipamento de monitorização de anestesia na sala de gastroscopia, se quiser fazer ao mesmo tempo, pode escolher gastroenteroscopia indolor, o que pode reduzir muito o desconforto da gastroenteroscopia. Se não quiser fazer os dois exames ao mesmo tempo, deve informar o seu médico com antecedência e marcar uma consulta para outro exame.