De um modo geral, em comparação com a prostatectomia radical, a implantação de partículas radioactivas no cancro da próstata tem menos complicações e a possibilidade de incontinência urinária pós-operatória, dificuldade em urinar e disfunção sexual é menor, mas também tem as suas próprias complicações especiais decorrentes da radioterapia, que são classificadas em complicações a curto prazo e complicações a longo prazo. As complicações a curto prazo (que ocorrem no prazo de 1 ano) são principalmente causadas diretamente pelos danos causados pela radioterapia nos tecidos circundantes, incluindo: sintomas de irritação do trato urinário, como frequência urinária, urgência e dor, dificuldade urinária e aumento da noctúria, aumento da frequência dos movimentos intestinais e sintomas de irritação rectal, como urgência e peso, proctocolite, etc. Os sintomas rectais menores secundários à braquiterapia são geralmente autolimitados. A incidência de pequenas hemorragias pós-operatórias varia entre 1-4% e a taxa de complicações rectais graves (que requerem uma rectostomia) é de cerca de 0-1%. A incidência de complicações rectais está relacionada com a dose de radiação no reto, bem como com o comprimento do reto que recebe a dose elevada. Outra complicação rara é a disfunção erétil, e a dose de radiação no feixe neurovascular tem sido associada à disfunção erétil após a braquiterapia. Alguns estudos referem que 79% dos doentes mantêm a função sexual após a braquiterapia e 50% mantêm a função sexual completa após seis anos de braquiterapia. Os doentes com disfunção erétil pós-operatória podem ser tratados com citrato de sildenafil. As complicações a longo prazo (que ocorrem após 1 ano) incluem principalmente: retenção urinária crónica, estenose uretral e incontinência urinária, com uma incidência global baixa.