A clindamicina é susceptível de causar dores de estômago, vómitos, diarreia e dores abdominais após a utilização, e o medicamento também causa alguns danos à função hepática e renal. Se o medicamento for utilizado em doses elevadas durante um longo período de tempo, pode provocar anomalias nas funções hepática e renal. Nas análises ao sangue, pode também ocorrer eosinofilia e, em alguns doentes, a utilização prolongada pode provocar reacções adversas como fraqueza física, letargia mental e sonolência.