Tanto o rabeprazol como o omeprazol são inibidores da bomba de protões e, em teoria, o rabeprazol é mais eficaz do que o omeprazol na supressão do ácido. No entanto, também depende do tamanho dos dois medicamentos e da dose que o doente está a tomar por via oral. Depende também da sensibilidade do doente ao medicamento, uma vez que algumas pessoas podem ter melhores resultados com o omeprazol oral, enquanto outras têm melhores resultados com o rabeprazol. Por conseguinte, o melhor medicamento é aquele que se adequa a si e não se baseia no custo. O tratamento preferencial com omeprazol é recomendado para pessoas com problemas gástricos, a menos que exista uma contra-indicação para a toma de omeprazol, devendo então ser considerados outros inibidores da bomba de protões. Deve ser consultado um especialista para a utilização e dosagem específicas do medicamento e, se necessário, pode ser utilizada uma combinação de agentes protectores da mucosa gástrica para tratar a doença gástrica.