O tratamento da encefalite varia consoante a causa da doença, e geralmente inclui terapia antiviral, terapia anti-infecciosa e terapia de apoio sintomática.
Por exemplo, medicamentos anti-tuberculose são utilizados para a meningite tuberculosa, medicamentos antifúngicos como o fluconazol são utilizados para uma nova meningite criptocócica, e o protiimidazol é utilizado para a desparasitação da cisticercose cerebral.