A medicação intravenosa é normalmente o tratamento de eleição para a pielonefrite, e apenas a pielonefrite muito ligeira pode ser tratada com antibióticos orais. Os antibióticos do tipo cefalosporina ou quinolona, como a cefixima e a levofloxacina, são geralmente escolhidos. A pielonefrite divide-se em dois tipos: a pielonefrite aguda e a pielonefrite crónica. A pielonefrite aguda e os ataques agudos de pielonefrite crónica são normalmente causados por infecções bacterianas, caso em que o doente necessita normalmente de aplicar antibióticos por via intravenosa, não sendo a medicação oral uma opção. Apenas a pielonefrite muito ligeira é tratada com antibióticos orais. Normalmente, utilizam-se empiricamente cefalosporinas, como a cefixima, ou quinolonas, como a levofloxacina, e os antibióticos são ajustados posteriormente em função dos resultados de sensibilidade da cultura de urina. Se a pielonefrite crónica não for uma exacerbação aguda, os fármacos terapêuticos têm de ser determinados de acordo com o estado do doente, os hipertensos escolhem fármacos anti-hipertensores (como valsartan, comprimidos de libertação prolongada de nifedipina), os doentes com anemia renal podem escolher roxarestat e outros fármacos para tratamento oral. Todos os medicamentos acima referidos devem ser tomados sob a orientação de um médico e não devem ser medicamentos auto-seleccionados, de modo a não agravar a doença. Recomenda-se que os doentes com pielonefrite se dirijam o mais rapidamente possível a hospitais regulares para receberem tratamento completo sob a orientação de especialistas.