Se o cálculo não for quebrado pela litotrícia extracorporal por ondas de choque, o doente é aconselhado a ser hospitalizado para cirurgia. A cirurgia é necessária para os cálculos que se encontram no local há mais de 4 semanas ou para os cálculos que foram fragmentados repetidamente por ondas de choque extracorporais na mesma zona mais de 4 vezes sem qualquer alteração. Os doentes podem optar por vários tratamentos cirúrgicos minimamente invasivos, tais como a litotrícia por laser de hólmio com nefrolitoscopia percutânea e a litotrícia por laser de hólmio com ureteroscopia. A incisão local para extracção de cálculos também pode ser considerada para remover completamente os cálculos do corpo e evitar a formação de aderências, infecção ou a formação de hidronefrose ou comprometimento da função renal. Recomenda-se um exame e uma avaliação pormenorizados no hospital para determinar primeiro o tamanho e a localização do cálculo e se este está associado a hidronefrose, e para escolher o procedimento cirúrgico adequado. No caso de cálculos no segmento inferior, a litotrícia ureteroscópica com Holmium laser pode ser uma opção. No caso de cálculos no ureter superior e no rim, a litotrícia percutânea nefrolitoscópica com Holmium laser é necessária para quebrar completamente os cálculos e removê-los do corpo. No caso de cálculos de grandes dimensões no corpo, pode ser considerada uma incisão para extracção dos cálculos.