As principais sequelas da cirurgia do cordoma são a fuga de líquido cefalorraquidiano, danos nos nervos cerebrais, danos no tronco cerebral, meningite e outras disfunções cerebrais. Os doentes com sequelas pós-cirúrgicas precisam de ser geridos de forma precoce e agressiva. O prognóstico do acordeoma não é muito bom, com uma esperança média de vida entre seis meses e dois anos sem qualquer tratamento. Se a cirurgia agressiva for combinada com radioterapia numa fase precoce, a esperança de vida do doente pode ser prolongada e as taxas de sobrevivência melhoradas. Contudo, os estudos actuais provaram que, para os pacientes tratados com cirurgia combinada com radioterapia, a taxa de recorrência pode ser tão elevada como 100% se a ressecção cirúrgica for incompleta. A taxa de recidiva pode ser reduzida se a ressecção cirúrgica estiver completa, mas o melhor tratamento para o acordeoma é actualmente a cirurgia combinada com a radioterapia.