Para diferentes tipos de doenças, a taxa de mortalidade após a craniotomia é diferente. Se for causada por uma lesão craniocerebral grave, a taxa de mortalidade é muito elevada e pode atingir 30% ou mesmo mais. No caso de alguns doentes com hemorragia cerebral, a taxa de mortalidade também ronda os 10% a 20%. A taxa de mortalidade é apenas um valor estatístico para fins de investigação e não tem grande significado para os indivíduos porque, após a craniotomia, cada doente morre ou sobrevive, pelo que, basicamente, a probabilidade é de 1/2.