O tipo de cirurgia minimamente invasiva para o refluxo biliar e a forma como este é realizado depende da causa do refluxo biliar. A causa mais comum do refluxo biliar na prática clínica são as pedras dos canais biliares no fígado e nos canais biliares. Este procedimento minimamente invasivo é normalmente realizado removendo a vesícula biliar ou removendo pedras dos canais biliares dentro e fora do fígado e, se necessário, dos lóbulos hepáticos, para tentar remover as pedras e impedir o refluxo. Se a obstrução biliar for considerada, é necessário um stent minimamente invasivo ou tratamento ERCP para aliviar a obstrução do ducto biliar inferior. Em alguns casos, se a malignidade for considerada, é necessária uma cirurgia radical. Se o refluxo biliar for considerado como sendo causado por um esôfago cardiaco inferior atrasado, então a esofagoplastia cardiaca inferior pode ser considerada.