O principal tratamento para o colesteatoma é a cirurgia, mas devido à localização do crescimento, localiza-se geralmente na linha média-craniana e no centro do crânio. Esta é uma área anatómica complexa com muitos vasos sanguíneos e nervos adjacentes, e o colesteatoma pode ser removido nas fases iniciais e está basicamente intacto, mas nas fases posteriores, pode corroer o osso e circundar os vasos sanguíneos e nervos, tornando muito difícil a sua remoção numa única operação. Além disso, se for tentada uma remoção completa numa única operação, os vasos sanguíneos e nervos circundantes podem ser danificados, causando algumas disfunções, o que não vale o custo. Portanto, a opinião predominante é que a maioria do colesteatoma deve ser removido cirurgicamente para aliviar os sintomas clínicos. Isto é seguido de uma revisão activa e, se necessário, de uma segunda cirurgia, e, claro, após a cirurgia. Também pode ser controlado por radioterapia, mas esta não é uma opção particularmente desejável. Por conseguinte, é importante concentrar-se no seguimento após a cirurgia para o colesteatoma.